نهاد نمايندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه ها حسب عنايت و دستور حضرت آيت‌الله خامنه‌ای (مدظله‌ العالی) با هدفی متعالی و در راستای ايجاد دانشگاه مؤمن و متعبد به هدايت الهی و در راستای تبيين ارزش های اسلامی و تعميق آگاهی های دينی و اعتقادی دانشجويان و دانشگاهيان و بر اساس مصوبه نهايی اسفندماه سال 1372 شورای عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر ايجاد سازمانی جديد برای تحقق منويات معظم‌ له، بر اساس اهداف و وظايف معين تشكيل گرديد كه در كليه دانشگاه ها و مراكز آموزش عالی به انجام وظايف مصرح در اساسنامه می ‌پردازد. نهاد نمايندگی در دانشگاه ها در جهت نيل به اين اهداف و وظايف الهی دو اصل مهم و اساسی را فرا روی خود قرار داده است:

1- تأكيد و تلاش جدی بر حركت‌های زيربنايی و عميق فرهنگی در راستای رشد و توسعه انديشه‌ها و آگاهی های دينی و اسلامی دانشجويان و دانشگاهيان.

2- ايجاد و تقويت روحيه تحرك و مشاركت فعال دانشجويان و دانشگاهيان در عرصه فعاليت های سياسی، اجتماعی و فرهنگی در سطح جامعه و دانشگاه ها.                             

 بر همين اساس نهاد نمايندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه ها با اهتمام و جديت تمام نسبت به برنامه‌ ريزی و ايجاد هماهنگی و ارتباط با نهادها و تشكل‌های دانشجويی اقدام نموده و در جهت ايجاد ارتباط با اساتيد و نيروهای فرهنگی و مذهبی گام های مؤثری برداشته است.